Năm 1978, Blackburn tham gia giảng dạy tại Đại học California tại Berkeley trong Khoa Sinh học Phân tử. Năm 1990, bà tham gia Khoa Vi trùng học và Miễn dịch học tại Đại học California tại San Francisco (UCSF) ở gần đó, và giữ chức Chủ tịch Khoa từ 1993 đến 1999. Bà hiện nay là giáo sư sinh học và sinh lý tại UCSF, và cũng là một viện sĩ không có mặt tại Viện Salk.